柑橘亚科形态丰富的果实。
“淮海惟扬州，厥苞橘柚，锡贡。小曰橘，大曰柚。”2000多年前的典籍《禹贡》里这样描述南方特产柑橘;“后皇嘉树，橘徕服兮。受命不迁，生南国兮……”先秦诗歌屈子《橘颂》里这样礼赞柑橘，橘(桔)、枳、柚、柑、橙……这些意指不同又常常混用的汉字，千百年来与中国人的生活息息相关，学界也一直默认中国为柑橘原产地。然而，2018年前后，美国主导的团队在《自然》杂志上发表研究成果，提出柑橘起源于喜马拉雅东南麓这一新发源地“学说”，该学说传播很快，受到主流学界的重视。
徐强团队。
“喜马拉雅南麓这个说法值得怀疑，至少不精确。”该研究第一作者博士生黄跃清楚地记得，听到这个“重大发现”时，他正和徐老师赶去云南的火车上，师徒二人在火车的小桌板上架起电脑，打开了一副古大陆板块的移动模型以及中国柑橘资源的分布图，开始细细琢磨起来。
徐强团队。
“喜马拉雅东南麓说”通过一些野生资源、化石证据和基因线索证明了香柚和香橼两个“种”起源于云南西部、缅甸北部、印度东北部这一个狭小地块，而柚和香橼只是柑橘“属”15个“种”中的两个，这些证据支撑不了其他“种”也起源于此，“当时的第一感觉不完全信服，觉得有点以偏概全。我们经常做调研，知道湖南湖北一带有大量的野生柑橘资源，比如宜昌橙，就是以发现地命名的一个古老柑橘种，与此类似的还有莽山野柑等。美国团队没有来中国身历其境，也就不了解中国柑橘野生种质资源的多样性，无论品种和数量，中国柑橘的多样性都是世界上最丰富的。”徐强说。确定植物的起源，主要证据除了化石、野生种群等，还有遗传多样性，多样性高的地区更接近起源中心，低的地区则远离起源中心。“我觉得新学说没有完全分析透哪个物种更古老，起源于哪里。所以当时我们就觉得有必要把这个问题用野生材料加基因组学的研究范式进行再考察，从柑橘‘属’这一更高层级来加以全面分析，更加客观地把柑橘起源的故事讲清楚。”
徐强团队。
徐强团队开始致力于从学理学术上为柑橘的中国原产地“正名”。如果要推算这次“正名”时间，其实还可以追溯到2013年前后。彼时，邓秀新院士就曾多次带领徐强等深入南方柑橘分布地区，遍访古树、寻找资源。他叮嘱道：“好好搜集鉴定一下，这么大规模野生柑橘资源可以作探源研究材料。”
说干就干，回到武汉，团队拟定了详细的研究计划。黄跃、徐远涛和团队成员开始一起着手资源和数据收集，他们深入云南、湖南、广西、四川、江西等我国南方柑橘分布地区，寻找古树、寻访老农、采集资源，用脚步丈量着山川大地。
徐远涛清楚地记得，有一次打听到云南瑞丽一带有项目研究缺少的珍贵材料，徐强老师立马从武汉坐飞机到保山，然后在合作伙伴带领下驱车三个小时到达野生资源分布区，徒步爬山搜寻两个多小时，才找到需要的样品。
徐强团队。
整个项目过程中，团队陆陆续续收集了300多份全世界范围内的柑橘资源，其中部分野生、近缘种资源在研究中发挥了至关重要的作用。
经过艰辛的探索，他们解析全球了312份柑橘亚科种质资源的全基因组数据，对12个柑橘亚科的代表种进行了测序组装，并结合已发表的6个柑橘属基因组，构建了柑橘亚科的泛基因组图谱。这一名为“柑橘泛基因组数据库”的规模是目前全世界最大的，也对全世界免费开放。
通过野生资源和基因数据，徐强团队重新界定了柑橘属包含15个种(其中包括本研究在中国新发现的两个种)，揭示了柑橘属和柑橘亚科的起源和演化历程，构建了柑橘亚科的系统进化树。结合历史地理位置推断和物种多样性分布，他们以有力的证据“正名”了千年以来的古老起源说：柑橘属起源于900多万年前的中国广袤南方地区(长江以南，南岭以北)。
“更正、更正、再更正，否定、否定、再否定。最多的时候一天改了六七个版本，最后成果发表时，发现柑橘传播模型文件夹里面已经‘躺着’五十多个修改版本!”黄跃说。
徐强团队。
新一版的柑橘起源的故事其实是这样的：3000万年前，柑橘亚科起源于当时和非洲、澳洲板块相连接的古印度板块，随着板块的碰撞与漂移，柑橘亚科逐渐分化，其中柑橘属起源于中国南部，而喜马拉雅山东南麓和澳大利亚及附近岛屿则是柑橘的两个次生分化中心。“柑橘作为一个独立的‘属’，分化出来时间近一千万年左右。而其中香柚和香橼两个‘种’独立分化的时间只有几百万年。”徐强推测说，“在古印度板块和欧亚板块碰撞形成喜马拉雅山隆起之前，长江水的流向可能和今天的正好相反，中国南部生长的柑橘顺着水流逐渐向云南扩张，然后再到缅甸，再到印度，另一条线也有可能从广西到云南，再到缅甸、印度。同时，中国的金柑陆续传到了澳洲，适应了当地气候之后，形成了另外一个分化中心。”
柑橘属15个种中有9个种的原产地都在中国，占比60%，徐强从科学的角度科普了跟柑橘有关的一些古老名词的意指：橘、柚、枳，是柑橘属中三个比较古老的种，而橙是杂交种。中国柑橘的早期分化群包括枳、莽山野柑、宜昌橙，它们的共同特征是又苦又涩，很难吃，但抗性好，种子多。而目前全世界人工栽培的橘类水果中很多都是古老原生种的杂交产物：(柚×橘)×橘=甜橙;酸橙×香橼=柠檬;橘子×橙子=柑……
柑橘亚科的系统进化和传播路线。
据悉，中国柑橘栽培已有4000多年的历史。目前，柑橘也是全球和我国最重要的果树之一，2022年中国柑橘种植面积超过4500万亩，产量超过5500万吨。
【编辑：丁翾】